Bouffier lobte das Wirken Wowereits für die Stadt Berlin und ging auf seinen charismatischen Politikstil ein: "Er hat alles drauf, von Charme bis schnoddrig, von brüsk bis liebreizend". Bei Verhandlungen habe man trotz unterschiedlicher Positionen immer einen Kompromiss gefunden und mehr Verbindendes als Trennendes erfahren. "Wir werden Sie in lebhafter Erinnerung behalten", sagte der Bundesratspräsident.
In seiner Erwiderung dankte Wowereit den Länderkollegen für die Unterstützung Berlins. Eine starke Hauptstadt stünde einem starken Föderalismus nicht entgegen. Berlin sei nicht nur die Stadt der Berlinerinnen und Berliner, sondern die Hauptstadt aller Deutschen. Mit Blick in die Zukunft verwies Wowereit auf die Notwendigkeit von Solidarität. Nur mit ihr sei es möglich, Lebensverhältnisse und Chancen der Menschen in Deutschland annähernd gleich zu gestalten.
Dienstältester Ministerpräsident
Wowereit übernahm im Juni 2001 das Amt des Regierenden Bürgermeisters und führte zunächst einen Senat aus SPD und Bündnis 90/DIE GRÜNEN an, den die damalige PDS (heute LINKE) tolerierte. Nach der vorgezogenen Wahl zum Abgeordnetenhaus im Oktober 2001 stellten SPD und PDS den Berliner Senat.
Nach kurzer Zeit als Regierungschef übernahm Wowereit auch das Amt des Bundesratspräsidenten, das turnusgemäß an das Land Berlin ging. In seine Präsidentschaft fiel die umstrittene Abstimmung zum Zuwanderungsgesetz am 22. März 2002, die lautstarke Proteste der unionsgeführten Länder auslöste und später das Bundesverfassungsgericht beschäftigte.
Nach der Abgeordnetenhauswahl 2006 setzte Wowereit das Bündnis mit der Linkspartei fort. Seit der Wahl im September 2011 wird Berlin von einer Koalition aus SPD und CDU regiert.
Im August 2014 gab Wowereit bekannt, dass er sein Amt als Regierender Bürgermeister von Berlin am 11. Dezember 2014 niederlegen wird. Mit ihm verlässt der derzeit dienstälteste Ministerpräsident die politische Bühne.
Als Nachfolger im Amt des Regierenden Bürgermeisters ist der bisherige Senator Michael Müller designiert. Er gehört dem Bundesrat als stellvertretendes Mitglied seit Dezember 2011 an.