Der Ausschuss für Fragen der Europäischen Union hat im Bundesrat eine lange Tradition. Bereits im Dezember 1957 richtete der Bundesrat einen Sonderausschuss "Gemeinsamer Markt und Freihandelszone" ein, der 1965 zu einem Ständigen Ausschuss für Fragen der Europäischen Gemeinschaften wurde. Seine heutige Bezeichnung trägt der Ausschuss seit dem In-Kraft-Treten des EU-Vertrages vom 1. November 1993, dem so genannten Maastricht-Vertrag.