Der Präsident des Bundestages ist Vorsitzender des Gemeinsamen Ausschusses (§ 7 Absatz 1 GemAusGO). Der Gemeinsame Ausschuss wählt ein Mitglied, das dem Bundesrat angehört, zum ersten stellvertretenden Vorsitzenden (§ 7 Absatz 2 Satz 1 GemAusGO).
Jede Landesregierung bestimmt aus ihren Mitgliedern und stellvertretenden Mitgliedern des Bundesrates eines zum Mitglied des Gemeinsamen Ausschusses und weitere Mitglieder zu Stellvertretern (§ 4 Absatz 1 Satz 1 GemAusGO).