In seiner ersten Amtszeit von 1994 bis 1998 regierte er zusammen mit den Grünen unter Tolerierung durch die PDS. Dies führte bundesweit zu Kontroversen und brachte Höppner neben hoher Bekanntheit auch Kritik ein. In der Landtagswahl 1998 verfehlten die Grünen den Einzug in den Landtag. Die SPD führte die Minderheitsregierung unter Höppner als Ministerpräsident allein fort.
Bei den Landtagswahlen 2002 verlor die SPD wesentliche Stimmenanteile. CDU und FDP übernahmen die Regierung unter Führung von Wolfgang Böhmer (CDU). Höppner blieb bis zu den Wahlen 2006 Mitglied des Landtages und engagierte sich in der evangelischen Kirche und war 2007 Präsident des Kirchentages.
Engagierter Sozialdemokrat und Christ
Vor der Wende war der studierte Mathematiker 18 Jahre Lektor im Berliner Akademie-Verlag. Während der friedlichen Revolution in der DDR engagierte er sich in der neu gegründeten SDP der DDR. Im März 1990 wurde Höppner Mitglied der ersten frei gewählten Volkskammer der DDR und zugleich ihr Vizepräsident. Nach dem Ende der DDR trat Höppner in die SPD ein. Nach seiner Wahl in den Landtag von Sachsen-Anhalt 1990 führte er vier Jahre die Opposition im Parlament an.
Besondere Beziehung zum Bundesratsgebäude
Bundesratsgebäude vor dem Umbau
© Bundesrat
Zu dem heutigen Gebäude des Bundesrates in Berlin hatte Höppner eine besondere Beziehung, da er es aus seiner Zeit beim Akademie-Verlag bereits kannte. Das Haus geriet damals - gelegen im Niemandsland der Berliner Mauer und durch Kriegsschäden stark gezeichnet - fast in Vergessenheit und wurde nur in Teilen unter anderem von der Akademie der Wissenschaften der DDR genutzt. Erst mit dem Einzug des Bundesrates im September 2000 erwachte das ehemalige Gebäude des Preußischen Herrenhauses wieder zu Leben.
Reinhard Höppner, nun Ministerpräsident und Mitglied des Bundesrates, kehrte an seine alte Wirkungsstätte zurück. Er habe all die Jahre die Mauer vor sich gehabt, die Einheit empfinde er deshalb "als besonders wohltuend", bekannte Höppner bei der Eröffnungsfeier.